Pínpín Ìwé: Ìṣàfihàn Virome ti àwọn ẹranko kékeré ní Ìwọ̀ Oòrùn Áfíríkà fi àwọn kòkòrò àrùn tuntun àti àwọn ewu ẹranko hàn

Iwadi kan laipe ti a tẹjade niMicrobiomeṢe àgbéyẹ̀wò ìwádìí lórí àrùn fáírọ́ọ̀sì lórí àwọn ẹranko kékeré 846—pẹ̀lú àwọn àdán, àwọn eku, àti àwọn shrew—tí a kó jọ ní Sierra Leone, Ìwọ̀ Oòrùn Áfíríkà. Ìwádìí náà ṣàfihàn àpapọ̀ àwọn kòkòrò RNA 39 tí ó níí ṣe pẹ̀lú ẹranko, tí ó ní àwọn kòkòrò 26 tuntun àti àwọn kòkòrò 13 tí a mọ̀ tẹ́lẹ̀. Láàrín ìwọ̀nyí, ìdílé Paramyxoviridae fi onírúurú tó ga jùlọ hàn, nígbà tí àwọn kòkòrò ní iye àwọn kòkòrò tó pọ̀ jùlọ nínú àwọn kòkòrò (n = 26).

Ìṣàyẹ̀wò ewu Zoonotic fi àwọn kòkòrò àrùn zoonotic mẹ́ta tí a mọ̀ hàn—kòkòrò àrùn encephalomyocarditis, kòkòrò àrùn Lassa, àti kòkòrò àrùn Rocahepevirus sp—àti àwọn kòkòrò àrùn mẹ́ta tí ó lè fa ìtújáde: kòkòrò àrùn Melian, kòkòrò àrùn hepatitis eku, àti kòkòrò àrùn Hunnivirus A. Lóòótọ́, lára ​​àwọn kòkòrò àrùn tí a ṣẹ̀ṣẹ̀ dá mọ̀, kòkòrò àrùn Bat ledantevirus 2 fi ìbáṣepọ̀ phylogenetic tí ó sún mọ́ kòkòrò àrùn Le Dantec tí ó ń kó àrùn ènìyàn hàn. Ìṣàyẹ̀wò serological tún ṣàwárí àwọn kòkòrò àrùn tí ó ń dín kòkòrò àrùn yìí kù nínú 2.8% àwọn olùgbé agbègbè, èyí tí ó fihàn pé ìfarahàn ènìyàn tẹ́lẹ̀, tí ó ṣeé ṣe kí a kò rí, ti hàn.

Àwọn àwárí wọ̀nyí fi hàn pé ibi ìpamọ́ fáírọ́ọ̀sì tó pọ̀ tí àwọn eku ń ṣàkóso ní Ìwọ̀ Oòrùn Áfíríkà ló ṣe pàtàkì, wọ́n sì tẹnu mọ́ pàtàkì àwọn ọgbọ́n ìṣọ́ra tó ṣọ̀kan ní ìsopọ̀ ènìyàn àti ẹranko. Pípa ìṣàyẹ̀wò metagenomic pọ̀ mọ́ ìfọwọ́sowọ́pọ̀ serological ń pèsè ìlànà tó lágbára fún dídá àwọn fáírọ́ọ̀sì mọ̀ pẹ̀lú agbára zoonotic àti splover.

Láàárín ọdún mẹ́wàá tó kọjá, ó ju 60% àwọn àrùn tó ń yọjú nínú ènìyàn ló ti wá láti inú àwọn ibi tí àwọn ẹranko ń gbé, pẹ̀lú àwọn àdán, eku, àti shrew tí a mọ̀ sí àwọn olùgbéjà pàtàkì ti àwọn kòkòrò àrùn zoonotic. A gbàgbọ́ ní gbogbogbòò pé Áfíríkà ni ibi tí àwọn àrùn zoonotic ti ń ṣẹlẹ̀. Fún àpẹẹrẹ, Sierra Leone ròyìn pé ó lé ní 28,000 àwọn ọ̀ràn nígbà tí Ebola bẹ̀rẹ̀ láti ọdún 2014 sí 2016.

Láìka ẹrù tó pọ̀ tó tí àwọn àrùn ẹranko ní agbègbè yìí ń kó, ìyàtọ̀ àti ìpínkiri àwọn kòkòrò àrùn nínú àwọn ẹranko kékeré onígbó kò tíì hàn dáadáa. Láti yanjú àlàfo yìí, àwọn olùwádìí ṣe àgbéyẹ̀wò virome onípele ti àwọn ẹranko kékeré onígbó 846 tí wọ́n mú káàkiri àwọn ibi mẹ́ta ní Sierra Leone láàárín ọdún 2018 àti 2023. Ìwádìí náà fẹ́ ṣe àfihàn onírúurú kòkòrò àrùn, láti dá àwọn tó ní agbára ìtajà onírúurú mọ̀, láti ṣe àyẹ̀wò ewu ẹranko, àti láti ṣe ẹ̀rí láti ṣètìlẹ́yìn fún àwọn ètò ìkìlọ̀ ní ìbẹ̀rẹ̀ fún àwọn àrùn tó ń yọjú.

Àwọn Ọ̀nà Àkọ́kọ́

Iwadi naa lo ilana iṣelọpọ metagenomics ti gbogun ti ọlọjẹ:

• Ìṣiṣẹ́ àpẹẹrẹ:A kó àwọn àsopọ ọkàn, ẹ̀dọ̀, ọ̀pọ́n, ẹ̀dọ̀fóró, àti kíndìnrín jọ, a kó wọn jọ, a sì fi wọ́n sínú àsopọ̀ ara, a sì yọ RNA kúrò pátápátá.
• Ṣíṣe ìtòlẹ́sẹẹsẹ àti ìṣọ̀kan:Wọ́n ṣe ìparẹ́ RNA Ribosomal kí wọ́n tó kọ́ ilé ìkàwé, lẹ́yìn náà ni wọ́n ṣe ìtẹ̀léra gíga nípa lílo ìpele Illumina NovaSeq 6000. Wọ́n kó àwọn àkóràn kòkòrò àrùn jọ láti ọjọ́ tuntun.
• Ìdámọ̀ kòkòrò àrùn:A dá àwọn kòkòrò àrùn mọ̀ nípa ìṣètò jínì RNA polymerase (RdRp) tí ó dúró lórí RNA. Àwọn kòkòrò àrùn tí ó ní í ṣe pẹ̀lú àwọn èèpo nìkan ni a pa mọ́, láìsí àwọn kòkòrò àrùn bakitéríà, olú, àti àwọn kòkòrò àrùn ewéko.
• Ìwádìí nípa ìṣẹ̀dá-ẹ̀rọ-ayé:A ṣe àtúntò phylogenetic, ìṣàyẹ̀wò àtúnṣe, àwòṣe nẹ́tíwọ́ọ̀kì ìyípadà ẹ̀yà-ẹ̀yà, àti ìṣàyẹ̀wò ewu zoonotic.
• Ìfọwọ́sowọ́pọ̀ nípa serological:A ṣe àgbékalẹ̀ àyẹ̀wò ìdènà àrùn pseudovirus tí ó dá lórí VSV fún Bat ledantevirus 2. A rí àwọn èròjà ajẹ́sí tí ń dín àrùn kù nínú 2.8% ti sera ènìyàn, èyí tí ó fi ẹ̀rí hàn pé ó ṣeé ṣe kí a gbé ìtànkálẹ̀ àrùn zoonotic kalẹ̀.
  

  Kẹ́kọ̀ọ́Àwọn Àbájáde

  1. Àwárí àti Ìyàtọ̀ Àrùn Kòkòrò Àrùn

  Ìwádìí yìí ṣe àgbéyẹ̀wò ìtẹ̀léra transcriptomic lórí àwọn ẹranko igbó 846 tí a kó jọ ní Sierra Leone, títí kan àwọn eku, àdán, àti àwọn shrews. Ní ìbámu pẹ̀lú ìtẹ̀léra ìran RNA polymerase (RdRp) pípé, a ṣàwárí àwọn kòkòrò RNA 39 tí ó níí ṣe pẹ̀lú ẹranko mammal, tí ó ní àwọn kòkòrò 13 tí a mọ̀ tẹ́lẹ̀ àti àwọn kòkòrò 26 tuntun.

  Ní ti ìṣẹ̀dá àwọn kòkòrò àrùn, ìdílé Paramyxoviridae fi ìpele tó ga jùlọ ti onírúurú hàn ní gbogbo àwọn ẹgbẹ́ mẹ́ta tí wọ́n ti gbàlejò, lẹ́yìn náà ni Astroviridae àti Picornaviridae tẹ̀lé e. Ní ti ìpínkiri àwọn olùgbàlejò, àwọn eku ló ṣe àfikún onírúurú kòkòrò àrùn tó pọ̀ jùlọ, wọ́n ní àpapọ̀ àwọn ẹ̀yà kòkòrò àrùn mẹ́rìndínlọ́gbọ̀n, èyí tó fi hàn pé ipa pàtàkì wọn gẹ́gẹ́ bí ibi ìpamọ́ onírúurú kòkòrò àrùn ní agbègbè náà.

  2. Ewu Zoonotic

  Ìṣàyẹ̀wò ewu Zoonotic fi àwọn kòkòrò àrùn zoonotic mẹ́ta tí a mọ̀ hàn: kòkòrò àrùn encephalomyocarditis, kòkòrò àrùn Lassa, àti irú àrùn Rocahepevirus. Ní àfikún, àwọn kòkòrò àrùn mẹ́ta—kòkòrò àrùn Melian, kòkòrò àrùn hepatitis eku, àti kòkòrò àrùn Hunnivirus A—ni a dá mọ̀ pé wọ́n ní ewu ìtújáde àrùn náà.

  Láàrín àwọn kòkòrò àrùn mẹ́rìndínlọ́gbọ̀n tí a ṣẹ̀ṣẹ̀ ṣàwárí, a sọtẹ́lẹ̀ pé mẹ́rin ní agbára zoonotic gíga tí ó dá lórí àwọn ànímọ́ phylogenetic àti genomic. Pàtàkì, Bat ledantevirus 2 fi ìbáṣepọ̀ phylogenetic tí ó súnmọ́ jùlọ pẹ̀lú kòkòrò àrùn Le Dantec tí a mọ̀ sí ènìyàn hàn.

  Ìwádìí serological tó tẹ̀lé e tún ṣètìlẹ́yìn fún àwárí yìí, nítorí pé a rí àwọn èròjà tí ń dín agbára ìdènà àrùn Bat ledantevirus 2 kù nínú 2.8% àwọn ara láti ọ̀dọ̀ àwọn olùgbé agbègbè náà. Àbájáde yìí fihàn pé àwọn àkóràn tí a kò mọ̀ tàbí tí kò ní àmì àrùn lè ti ṣẹlẹ̀ láàárín ènìyàn, èyí tó fi hàn pé ọ̀nà ìgbésẹ̀ ẹranko kan wà tí a kò tíì rí tẹ́lẹ̀, àmọ́ tí a kò tíì rí tẹ́lẹ̀.

  3. Ìyípadà Ìgbékalẹ̀ Àjọpín-Ẹ̀yà

  Àyẹ̀wò ìtànkálẹ̀ àwọn ẹ̀yà ara fihàn pé àwọn eku wà ní ipò pàtàkì láàárín nẹ́tíwọ́ọ̀kì pínpín àwọn kòkòrò àrùn, wọ́n ń ṣiṣẹ́ gẹ́gẹ́ bí àwọn kókó pàtàkì tí ó ń mú kí ìyípadà kòkòrò àrùn rọrùn láàrín àwọn ẹ̀yà ara tí ó gbàlejò. Àròpọ̀ àwọn kòkòrò àrùn mẹ́ẹ̀ẹ́dógún ni a ṣàwárí pé wọ́n ní agbára láti gbé ìtànkálẹ̀ àwọn ẹ̀yà ara gbòde kan.

  Àtúnyẹ̀wò síwájú síi lórí àwọn ìlànà ìtajà àgbélébùú fihàn pé pípín àwọn kòkòrò àrùn náà máa ń wáyé nígbàkúgbà láàrín àwọn olùgbàlejò láàrín ìtòjọ kan náà, èyí tó fihàn pé ìbáṣepọ̀ àwọn olùgbàlejò kó ipa pàtàkì nínú ìtajà àgbélébùú. Ní ìyàtọ̀ sí èyí, àwọn àdán fi agbára tí ó kéré síi hàn fún ìtajà àgbélébùú.

  Ní pàtàkì, a rí ẹ̀rí ìfẹ̀sí ibi tí àwọn olùgbàlejò kan wà nínú àwọn kòkòrò àrùn kan. Fún àpẹẹrẹ, a tún rí kòkòrò àrùn Melian, tí a ti kà sí pàtàkì fún àwọn shrews tẹ́lẹ̀, nínú ìwádìí yìí, èyí tí ó fi hàn pé ó ṣeé ṣe kí àwọn olùgbàlejò yí padà sí bí wọ́n ṣe lè ṣe é àti pé ewu gbígbà àwọn ènìyàn sí i pọ̀ sí i.

  

  Àwọn ìparí àti àwọn ìtumọ̀ ìlera gbogbogbò

  • Oniruuru fáírọ́ọ̀mù gíga nínú àwọn ẹranko kékeré onígbó:Àwárí àwọn kòkòrò àrùn RNA 39, tí ó ní irú àrùn 26 tuntun nínú, fi hàn pé ó ní àkójọpọ̀ kòkòrò àrùn ńlá kan ní agbègbè náà, ó sì ròyìn fún ìgbà àkọ́kọ́ pé ó ní àwọn kòkòrò àrùn tuntun pẹ̀lú agbára zoonotic gíga (fún àpẹẹrẹ, Bat ledantevirus 2).
  • Àwọn eku gẹ́gẹ́ bí ibi ìṣọ́ pàtàkì:Àwọn eku ń ṣiṣẹ́ gẹ́gẹ́ bí ibùdó pàtàkì fún ìtànkálẹ̀ àrùn náà, wọ́n sì ní onírúurú àrùn tó ga jùlọ, èyí tó dúró fún ewu ìtújáde àrùn tó ga jùlọ.
  • A nílò àwọn ọgbọ́n ìṣọ́ra tí a ṣepọ:Àwọn àwárí náà ṣe àtìlẹ́yìn fún mímú àwọn eku pàtàkì sí ipò àkọ́kọ́ nínú àwọn ètò ìṣọ́ tí ń ṣiṣẹ́ àti ṣíṣe àwọn ọ̀nà àkópọ̀ tí ó para pọ̀ mọ́ metagenomics, serology, àti ìṣàyẹ̀wò àyíká ní àwọn ìsopọ̀ ènìyàn àti ẹranko.

  Ni gbogbogbo, iwadi yii pese awọn ẹri pataki lati ṣe atilẹyin fun awọn eto ikilọ kutukutu ati awọn ilana iṣiro eewu fun awọn arun zoonotic ti n yọ jade, ti o tun mu pataki ti iṣọra ni awọn agbegbe ti o ni eewu giga pọ si.

  Ìwífún Ọjà